Το Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΕΚΕΤΑ/ΙΝΕΒ) σε συνεργασία με το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ) ανίχνευσαν και ποσοτικοποίησαν πρόσφατα την παρουσία της παραλλαγής Δέλτα (B.1.617.2) στα λύματα της Θεσσαλονίκης, μέσω της καινοτόμου σε διεθνές επίπεδο μεθόδου για την επιδημιολογία λυμάτων που έχουν αναπτύξει. Η μέθοδος ανίχνευσης των μεταλλάξεων είναι βασισμένη στην Αλληλούχηση Νέας Γενιάς ή Επόμενης Γενιάς, και έχει ήδη προκαλέσει το ενδιαφέρον πανεπιστημίων και ερευνητικών ινστιτούτων από την Ευρώπη και τις ΗΠΑ.

Όπως εξηγεί στο iatronet ο Δρ. Αναγνώστης Αργυρίου, αναπληρωτής διευθυντής του ΕΚΕΤΑ/ΙΝΕΒ, η τρέχουσα φάση της πανδημίας SARS-CoV-2, διαμορφώνει μία νέα εποχή γονιδιωματικής επιτήρησης, στην οποία θα παρακολουθούνται συστηματικά οι συνεχείς αλλαγές στο γονιδίωμα του ιού. Ωστόσο, η Αλληλούχηση Επόμενης Γενιάς δεν περιορίζεται στον κορωνοϊό. Η αλληλούχιση του συνόλου της γενετικής πληροφορίας που δίνουν τα λύματα επιτρέπει την παρακολούθηση συνολικά της υγείας του πληθυσμού μιας πόλης, μέσω της ανίχνευσης ενός πλήθους ιών και παθογόνων, καθώς και της παρουσίας φαρμάκων, αντιβιοτικών και ανθρώπινων ρύπων. «Μπορεί να θεωρηθεί ως προσέγγιση ισοδύναμη της ανάλυσης αίματος απλά αντί να παρακολουθούμε την υγεία ενός ανθρώπου, παρακολουθούμε στην προκειμένη την υγεία μιας ολόκληρης πόλης», λέει χαρακτηριστικά και κάνει γνωστό πως ήδη γίνεται πιλοτική εφαρμογή στο εργαστήριο.

Ενδιαφέρον από ΗΠΑ και Ευρώπη

Η αλληλούχηση του συνόλου της γενετικής πληροφορίας που υπάρχει στα λύματα μιας πόλης, μέσω της τεχνολογίας που αναπτύχθηκε από το ΕΚΕΤΑ/ΙΝΕΒ και το ΑΠΘ δίνει τη δυνατότητα στους ερευνητές να βλέπουν μέσα σε ένα μόνο δείγμα τι αποκρίνει το σύνολο του πληθυσμού. Στη συνέχεια, η καινοτόμος μεθοδολογία βιοπληροφορικής ανάλυσης, που αναπτύχθηκε από την Ομάδα Βιοπληρφορικής του Ινστιτούτου με επικεφαλής τον Δρ Φώτη Ψωμόπουλο, επιτρέπει την αποτίμηση των πολύπλοκων δεδομένων για την σύνθεση της εικόνας και την εξαγωγή συμπερασμάτων.

«Τα λύματα είναι ένα εξαιρετικά πολύπλοκο υλικό, αλλά και εξαιρετικά σημαντικό, γιατί δεν περιέχει μόνο υπολείμματα του κορωνοϊού, αλλά περιέχει και πολλά άλλα παθογόνα. Η μελλοντική προσέγγιση και η πιλοτική εφαρμογή που κάνουμε δεν αφορά πλέον μόνο την ανάλυση του κορωνοϊού με την εκτίμηση των διάφορων μεταλλάξεων και κατ΄ επέκταση των διάφορων στελεχών που κυκλοφορούν στον γενικό πληθυσμό, αλλά έχει τη δυνατότητα να εφαρμοστεί και σε πολλές άλλες περιπτώσεις, αναλύοντας διαφορετικά παθογόνα, ή άλλες ιώσεις που υπάρχουν στο σύνολο του πληθυσμού της Θεσσαλονίκης», σημειώνει ο κ.Αργυρίου και προσθέτει: «η ίδια μεθοδολογία, επειδή ακριβώς προκάλεσε και το ενδιαφέρον άλλων πανεπιστημίων και άλλων φορέων, είναι αυτή τη στιγμή αντικείμενο συζήτησης και εφαρμογής και σε άλλες περιοχές της Ελλάδας και σε άλλες χώρες. Έχουμε έρθει σε επικοινωνία με δύο τουλάχιστον πανεπιστήμια της Αμερικής και έχουμε μια συζήτηση με διάφορα πανεπιστήμια ή αντίστοιχους ερευνητικούς φορείς της Ευρώπης που θα ήθελαν να εφαρμόσουν αυτή τη μεθοδολογία».

Η ανίχνευση της Δέλτα παραλλαγής και η εξέλιξη

Σύμφωνα με τους ερευνητές του ΕΚΕΤΑ, η επιδημιολογία με βάση τα λύματα είναι μια αναδυόμενη εναλλακτική μεθοδολογία για την παρακολούθηση της κυκλοφορίας του ιού SARS-CoV-2 σε μια ευρεία περιοχή, καθώς οι μέθοδοι ολικής αλληλούχησης σε κλινικό επίπεδο δεν μπορούν εύκολα να κλιμακωθούν, τόσο λόγω κόστους όσο και χρόνου.

Με τη μέθοδο που επέτρεψε πριν λίγους μήνες την ανίχνευση του Αλφα («βρετανικού») στελέχους, το ΕΚΕΤΑ/ΙΝΕΒ κατάφερε πρόσφατα να ανιχνεύσει και την Δέλτα («ινδική») παραλλαγή στα λύματα, αλλά και να να ποσοτικοποιήσει την αυξητική της πορεία. Τις πρώτες τρεις εβδομάδες του Ιουνίου αυτή βρέθηκε σε εξαιρετικά χαμηλές συχνότητες, της τάξης του 1% ως 3%, αλλά αναμένεται να αυξηθεί σημαντικά η παρουσία της στις αναλύσεις των τελευταίων δειγμάτων που στάλθηκαν από το ΑΠΘ. Αυτό φαίνεται και από τον υπερδιπλασιασμό, τόσο των ενεργών κρουσμάτων όσο και του ιικού φορτίου στα λύματα της πόλης την τελευταία εβδομάδα.

«Οι τελευταίες αναλύσεις δείχνουν αναμενόμενη αύξηση, που φαίνεται και στα κλινικά δείγματα. Δεν φαίνεται να είναι τόσο απότομη όσο ήταν του βρετανικού στελέχους, όπου είχαμε μια σχεδόν εκθετική αύξηση και μέσα σε 2-3 εβδομάδες έφτασε στο 90%. Πιθανολογούμε ότι θα έχουμε μια πολύ γρήγορη αύξηση και του στελέχους Δέλτα, απλώς επειδή έχουμε ένα μεγάλο ποσοστό εμβολιασμένων ατόμων, αυτή η αύξηση πιθανό να είναι πιο αργή», ανέφερε ο κ.Αργυρίου.

Ειδήσεις υγείας σήμερα
Συναισθηματική υγεία: Τι είναι και πώς θα τη βελτιώσουμε
Οπισθοπεριτοναїκοί όγκοι: Ποια είναι η θεραπεία εκλογής
16o Greece Race for the Cure